В настоящее время зоной деятельности Ханты-Мансийской таможни является весь Ханты-Мансийский автономный округ. В крупных городах округа оказанием таможенных услуг занимаются 7 таможенных постов, 3 международных аэропорта в городах Ханты-Мансийск, Нижневартовск, Сургут
В январе — феврале 2013 года в зоне деятельности Ханты-Мансийской таможни пользовались услугами таможенного оформления и вели торговлю 52 юридических лица.
Согласно данных статистики внешней торговли, за первые два месяца 2012 года таможней было оформлено 865 деклараций на товары. Грузооборот товаров увеличился на 31,1% по сравнению с аналогичным периодом прошлого года и составил 38,4 тыс. тонн.
Не обошли стороной и иные аспекты работы таможни. В частности, в пресс-релизе указывается, что подразделениями таможни выявлено 154 факта административных правонарушений. Штрафные санкции по делам составили 501,6 тыс. рублей. Возбуждено 3 уголовных дела.
