В деятельности таможенных органов в последнее время прошло очень много изменений, которые направлены на сокращение времени таможенного оформления и таможенного контроля. Так, к примеру, в 2013 году сроки таможенного декларирования составили только 17% от среднего времени, которое находится груз в морском порту, и составляет всего 27 часов. То есть чуть больше суток уходило на таможенное оформление товаров в 94 % случаев в текущем году. При этом качество таможенного контроля остается на самом высоком уровне.
Такой эффективности работы таможенных органов способствует предоставление необходимых документов на бумажном носителе при использовании электронного декларирования. На Балтийской таможне 97 % деклараций подаются предварительно через Интернет, а на Кронштадском таможенном посту достигли 100-процентной работы морских перевозчиков грузов с предварительным информированием в электронном виде. Благодаря такому подходу, решение о выгрузке может быть принято ещё до того, пока судно прибудет в порт.
Таможенные органы также проводят категорирование фирм-импортеров с целью формирования «зеленого сектора» добропорядочных участников ВЭД. Это помогает выборочно применять формы таможенного контроля. Таким образом, было достигнуто увеличение доли участников «зеленого сектора» при декларировании в 2013 году до 21% вместо 7,6% в прошлом году.